金黃色葡萄球菌噬菌體vB_SauH_IME522的分離鑒定及全基因組分析
關(guān)鍵詞：金黃色葡萄球菌 噬菌體 生物學(xué)特性 基因組分析
摘要：目的從醫(yī)院污水中分離到一株金黃色葡萄球菌噬菌體vB_SauH_IME522,對(duì)其進(jìn)行分離鑒定、測(cè)序及進(jìn)化和基因組學(xué)的分析。方法以一株從臨床分離到的多重耐藥的金黃色葡萄球菌為宿主菌分離噬菌體,應(yīng)用雙層瓊脂平板法進(jìn)行噬菌體最佳感染復(fù)數(shù)(optimal MOI)、一步生長(zhǎng)曲線(one-step growth curve)實(shí)驗(yàn),使用蔗糖密度梯度離心純化病毒,并通過透射電鏡觀察噬菌體形態(tài);應(yīng)用SDS/蛋白酶裂解方案提取噬菌體全基因組,使用Illumina Miseq測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行噬菌體全基因組測(cè)序,測(cè)序后對(duì)噬菌體全基因組序列進(jìn)行組裝、注釋、進(jìn)化和比較基因組學(xué)分析。結(jié)果分離到一株金黃色葡萄球菌噬菌體,命名為vB_SauH_IME522;其最佳感染復(fù)數(shù)為0.01,一步生長(zhǎng)曲線結(jié)果顯示,其感染宿主菌的潛伏期約為20 min,裂解期約為200 min,平均裂解量89 PFU/cell;電鏡觀察該噬菌體,噬菌體vB_SauH_IME522具有典型的二十面體結(jié)構(gòu)和收縮的尾部,其頭部直徑為(70±1)nm,尾部長(zhǎng)度為(135±2)nm?；蚪M測(cè)序結(jié)果表明,噬菌體基因組全長(zhǎng)為140 246 bp,G+C含量為30.2%。基因組注釋顯示噬菌體vB_SauH_IME522含有223個(gè)蛋白編碼基因、164個(gè)啟動(dòng)子、66個(gè)終止子、4個(gè)tRNAs及7個(gè)耐藥相關(guān)位點(diǎn)。其中52個(gè)基因的編碼產(chǎn)物有預(yù)測(cè)的功能,其余基因的編碼產(chǎn)物均為功能未知的推定蛋白。系統(tǒng)發(fā)生分析表明,該噬菌體屬于Twortvirinae亞科的Kayvirus屬。結(jié)論烈性噬菌體vB_SauH_IME522為Twortvirinae亞科的新成員,具有較強(qiáng)的裂解能力和短的潛伏期。
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