基于SLAF-seq技術(shù)的古茶樹SNP位點(diǎn)開發(fā)
關(guān)鍵詞：古茶樹 snp位點(diǎn) 高通量測序 分子標(biāo)記
摘要：為給古茶樹遺傳圖譜構(gòu)建、分子輔助育種和物種進(jìn)化等研究提供參考,以48份貴州古茶樹種質(zhì)為研究對象,利用SLAF-seq技術(shù),獲取大量多態(tài)性SLAF標(biāo)簽,進(jìn)而開發(fā)一批特異性強(qiáng)、穩(wěn)定性高的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點(diǎn)。結(jié)果表明,利用獼猴桃參考基因組進(jìn)行電子酶切預(yù)測,選擇HaeIII酶進(jìn)行酶切,得到237773個(gè)SLAF標(biāo)簽,其雙端比對效率為91.40%,酶切效率為96.41%,說明SLAF建庫正常。測序后各樣品所獲得的讀長數(shù)為1279534~8460233,測序質(zhì)量值Q30范圍為92.61%~94.88%,均值為93.84%,測序獲得的GC比例為43.52%~47.18%。共開發(fā)1656258個(gè)古茶樹SLAF標(biāo)簽,樣品的平均測序深度為24.21×,其中多態(tài)性SLAF標(biāo)簽有462897個(gè),根據(jù)所獲得的多態(tài)性SLAF標(biāo)簽來統(tǒng)計(jì)SNP位點(diǎn)信息,共得到2690638個(gè)群體SNP標(biāo)記,根據(jù)完整度大于0.8且次要基因頻率(MAF)大于0.05的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行過濾,得到283376個(gè)高一致性的群體SNP標(biāo)記。
經(jīng)濟(jì)林研究雜志要求:
{1}標(biāo)題序號按照“一”、“（一）”、“1”、“第一”或“首先”順序排列，一般不用“①”號。根據(jù)文章具體內(nèi)容，序號可適當(dāng)減少，但不可反順序使用。
{2}來稿務(wù)必立論正確，論證嚴(yán)謹(jǐn)，論據(jù)充分，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確，語言通順，文字流暢，標(biāo)點(diǎn)符號正確；特別應(yīng)具有創(chuàng)新性、學(xué)術(shù)性和前沿性。
{3}摘要是對論文的內(nèi)容不加注釋和評論的簡短陳述，不用公式和化學(xué)結(jié)構(gòu)式、圖表、特殊符號等。表達(dá)力求簡單、具體，術(shù)語規(guī)范，一般400字內(nèi)。
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