豫北塞尼卡谷病毒VP1基因的擴(kuò)增和序列分析
關(guān)鍵詞：塞尼卡谷病毒 vp1蛋白 遺傳進(jìn)化分析
摘要：塞尼卡谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)是一種新發(fā)的豬病毒病,在我國(guó)豬群中已形成一定的流行性。本文首先對(duì)豫北一豬場(chǎng)發(fā)生水泡癥狀的豬進(jìn)行病料采集,然后提取病毒RNA,通過(guò)反轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增到SVV的VP1基因,并對(duì)其進(jìn)行測(cè)序。通過(guò)MegAlign軟件對(duì)VP1基因序列進(jìn)行遺傳進(jìn)化分析,利用在線生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)VP1蛋白的信號(hào)肽、核定位信號(hào)和B細(xì)胞表位。結(jié)果表明:豫北毒株與一株美國(guó)毒株USA-IA44952(登錄號(hào)為KU954090.1)的核苷酸同源性最高,與SVV-001毒株核苷酸同源性最低(登錄號(hào)為DQ641257.1),VP1蛋白沒有信號(hào)肽序列,沒有核定位信號(hào),有8個(gè)B細(xì)胞線性抗原表位。
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