?？苿游镛D(zhuǎn)錄組微衛(wèi)星變異分析
關(guān)鍵詞：牛科動物 轉(zhuǎn)錄組 微衛(wèi)星序列 變異
摘要：微衛(wèi)星(simples equencere peats, SSRs)廣泛分布于生物基因組中,是最常用的分子標(biāo)記之一。本研究利用生物信息學(xué)方法搜索和統(tǒng)計(jì)了7種?？苿游镛D(zhuǎn)錄組中完整型SSRs序列,揭示不同重復(fù)類型SSRs變異水平,并對其生物信息學(xué)特征進(jìn)行比較分析。在?？苿游镛D(zhuǎn)錄組中,牛、綿羊和山羊SSRs總豐度較高,三者基本一致(157.98, 157.09 vs 158.52個(gè)/Mb);其次是瘤牛和水牛(140.70 vs 129.63個(gè)/Mb);牦牛微衛(wèi)星總豐度較低(96.99個(gè)/Mb),藏羚羊微衛(wèi)星總豐度最低(63.71個(gè)/Mb)。牛科動物轉(zhuǎn)錄組中SSRs所占比例普遍偏低,范圍為0.156%~0.753%,三堿基SSRs占主導(dǎo)地位,并且以(CCG)n和(AGG)n為優(yōu)勢重復(fù)基元,這可能與轉(zhuǎn)錄組編碼區(qū)三聯(lián)體密碼子高度保守有關(guān)。在這7種?？苿游镛D(zhuǎn)錄組中,相同單堿基至六堿基SSRs重復(fù)拷貝數(shù)(repeat copy number, RCN)分布高度一致。通過牛科動物轉(zhuǎn)錄組SSRs變異系數(shù)(coefficient of variability, CV)分析表明,單堿基SSRs和二堿基SSRs重復(fù)拷貝數(shù)變異水平較高,其次RCN變異模式如下:三堿基SSRs>四堿基SSRs>六堿基SSRs>五堿基SSRs,六堿基SSRs重復(fù)拷貝數(shù)變異水平有稍微增加的趨勢。本研究為?？苿游颯SR標(biāo)記的開發(fā)、遺傳多樣性評估和遺傳育種提供科學(xué)依據(jù)。
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