基于RAD-seq技術(shù)的鵝掌楸基因組SNP標(biāo)記開發(fā)
關(guān)鍵詞：北美鵝掌楸 鵝掌楸 snp標(biāo)記 遺傳連鎖圖譜
摘要：【目的】開發(fā)大量可靠的SNP標(biāo)記,為鵝掌楸高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建和基于基因組的林木選擇育種提供分子基礎(chǔ)?！痉椒ā繌谋泵砾Z掌楸NK基因型為母本、鵝掌楸LS基因型為父本的F1代雜交群體中,選取198株個(gè)體為作圖群體。用限制性內(nèi)切酶EcoR I對(duì)包括2個(gè)親本和198個(gè)子代在內(nèi)的200個(gè)單株的基因組DNA進(jìn)行酶切,構(gòu)建RAD(restriction-site associated DNA)文庫并進(jìn)行RAD-seq測(cè)序。采用讀長(zhǎng)為91 bp的雙末端測(cè)序。2個(gè)親本的平均測(cè)序深度為2×,198個(gè)子代的平均測(cè)序深度為0.8×,平均產(chǎn)量為1.94 Gb,共獲得約387.21 Gb數(shù)據(jù)。用Stacks軟件將每個(gè)樣品的RAD-reads作生物信息學(xué)分析,對(duì)候選位點(diǎn)進(jìn)行卡方檢驗(yàn)和缺失率檢驗(yàn),再將符合孟德爾遺傳的標(biāo)記及與之相對(duì)應(yīng)的RAD-tag序列和鵝掌楸參考基因組序列進(jìn)行比對(duì)。最后,從本研究開發(fā)的SNP標(biāo)記中選取27個(gè)候選SNP位點(diǎn),設(shè)計(jì)引物,對(duì)隨機(jī)挑選的16個(gè)F1代進(jìn)行PCR擴(kuò)增并將結(jié)果進(jìn)行測(cè)序,同時(shí)驗(yàn)證SNP的有效性。【結(jié)果】從候選群體中共鑒定到22 019個(gè)SNP位點(diǎn),符合孟德爾遺傳規(guī)律的標(biāo)記為4 233個(gè),最終獲得3 501個(gè)候選SNP標(biāo)記。SNP驗(yàn)證中,共有293個(gè)SNP標(biāo)記完成測(cè)序并能判讀結(jié)果,所有位點(diǎn)都為SNP位點(diǎn),共有194(66.2%)個(gè)SNP變異類型得到了驗(yàn)證?！窘Y(jié)論】基于RAD-seq技術(shù)和鵝掌楸參考基因組序列為基礎(chǔ)的策略,能夠作為一種快速有效的手段,實(shí)現(xiàn)大規(guī)模的分子標(biāo)記開發(fā),可用于鵝掌楸等林木的高密度遺傳圖譜的構(gòu)建。
南京林業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào)·自然科學(xué)版雜志要求:
{1}引言言簡(jiǎn)意賅，突出重點(diǎn)。不應(yīng)過多敘述同行熟知及教科書中的常識(shí)性內(nèi)容，引言作為論文的開端，主要回答“為什么研究”這一問題。
{2}文稿務(wù)求論點(diǎn)明確、文字精練、數(shù)據(jù)可靠。
{3}參考文獻(xiàn)：用于說明引文的出處，采用文末注的形式。注號(hào)：用“[1]、[2]、[3]……”。
{4}關(guān)鍵詞：中文和英文關(guān)鍵詞，一般要求6 ～ 8 個(gè)，放在中英文摘要后。
{5}屬于基金資助項(xiàng)目或立項(xiàng)課題的來稿，請(qǐng)注明項(xiàng)目或課題名稱、編號(hào)，多項(xiàng)基金項(xiàng)目應(yīng)依次列出。
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