芥菜TCP轉(zhuǎn)錄因子家族全基因組鑒定及表達分析
關(guān)鍵詞：芥菜 tcp家族 全基因組鑒定 進化分析 表達分析
摘要：【目的】對芥菜基因組中TCP轉(zhuǎn)錄因子家族基因成員進行鑒定和序列分析,并分析TCP家族基因在莖發(fā)育時期的表達水平,為研究芥菜TCP基因功能和莖膨大機理提供基因源和理論依據(jù)?！痉椒ā繌氖|薹屬基因組數(shù)據(jù)庫下載芥菜基因組數(shù)據(jù),結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),對芥菜TCP轉(zhuǎn)錄因子家族成員進行鑒定,并利用生物信息學(xué)方法對該家族成員進行理化性質(zhì)、亞細胞定位、系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系、基因結(jié)構(gòu)、染色體定位及莖不同發(fā)育時期基因表達譜等方面的分析?！窘Y(jié)果】芥菜TCP家族共有53個成員;系統(tǒng)進化樹分析可分為兩個大的亞組;TCP基因大都位于細胞核上,但理化性質(zhì)差異很大;大部分基因沒有內(nèi)含子,基因結(jié)構(gòu)保守性較高;在染色體上分布不均;表達模式分析顯示TCP家族基因可能在芥菜莖膨大中起重要作用。【結(jié)論】鑒定了53個芥菜TCP家族基因成員,并發(fā)現(xiàn)PCF亞組成員在芥菜莖發(fā)育時期特異性表達,可能在芥菜莖的生長發(fā)育過程中起重要作用,該研究為芥菜及其他植物中TCP家族的鑒定和功能研究提供了理論基礎(chǔ)。
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