NSCLC患者尿液中游離miRNAsqPCR內(nèi)參基因的選擇
關(guān)鍵詞：非小細(xì)胞肺癌 尿液 游離mirna qpcr 內(nèi)參基因
摘要：目的探討非小細(xì)胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)患者和健康志愿者尿液中微小RNA(miRNA)內(nèi)參基因的穩(wěn)定性。方法分別收集NSCLC患者(12名)和健康志愿者(7名)尿液樣本,經(jīng)膜濃縮過濾后提取其中的總RNA。通過BGISEQ-500 miRNA建庫(kù)和二代測(cè)序技術(shù)(NGS)測(cè)定尿液樣本中miRNA的表達(dá)譜,基于測(cè)序表達(dá)量(transcript per million, TPM)值篩選出前5個(gè)高豐度的候選內(nèi)參基因,包括常用的內(nèi)參基因U6,通過實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)技術(shù)在另一組樣本中進(jìn)行驗(yàn)證。利用geNorm軟件、NormFinder軟件和BestKeeper軟件評(píng)價(jià)候選內(nèi)參基因表達(dá)的穩(wěn)定性。結(jié)果 geNorm軟件和NormFinder軟件分析結(jié)果一致,候選內(nèi)參基因的穩(wěn)定性由高到低的順序?yàn)?真核生物核糖體大亞基(28S rRNA)、真核生物核糖體小亞基(18S rRNA)、U6、5S rRNA和tRNA。BestKeeper軟件分析結(jié)果顯示28S rRNA和U6的穩(wěn)定性優(yōu)于其它候選內(nèi)參基因,tRNA的表達(dá)不穩(wěn)定,18S rRNA最適合與其它候選內(nèi)參基因聯(lián)合使用。結(jié)論 28S rRNA是最穩(wěn)定的內(nèi)參基因,28S rRNA和18S rRNA可聯(lián)合使用作為尿液樣本中qPCR的內(nèi)參基因;這為尿液中游離miRNAs在疾病診斷中的定量分析提供了重要依據(jù)。
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