云南省1例伯氨喹誘發(fā)溶血患者的G6PD基因編碼區(qū)突變分析及酶蛋白空間結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
關(guān)鍵詞：云南省 伯氨喹 溶血 突變 空間結(jié)構(gòu)
摘要：目的分析伯氨喹誘發(fā)溶血患者的葡萄糖-6-磷酸脫氫酶(G6PD)基因突變對(duì)空間結(jié)構(gòu)形成的影響。方法于2018年5月18日采集1例因服用伯氨喹出現(xiàn)溶血反應(yīng)、G6PD酶活性下降75%的間日瘧病例血樣。提取血樣的人基因組DNA,通過PCR分別擴(kuò)增含G6PD基因exon2、exon3-7、exon8-9和exon10-13等12個(gè)外顯子的片段并測(cè)序。整理獲得的DNA序列與G6PD基因野生型、突變型序列比對(duì),以確認(rèn)12個(gè)外顯子分別的起止點(diǎn)并拼接成exon2-13外顯子的cDNA序列。用MEGA5.04軟件分析cDNA序列的錯(cuò)義突變、同義突變和進(jìn)行氨基酸鏈轉(zhuǎn)換。采用SWISS-MODEL預(yù)測(cè)氨基酸鏈空間結(jié)構(gòu)(www.swissmodel.expasy.org/interactive),PyMOL2.2.0軟件修飾空間結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)圖。結(jié)果間日瘧患者血樣基因組經(jīng)4個(gè)PCR反應(yīng)體系擴(kuò)增,分別獲得含G6PD基因exon2、exon3-7、exon8-9、exon10-13外顯子的336、2277、976和1421bp等4種目標(biāo)產(chǎn)物。由測(cè)序結(jié)果整理獲得12個(gè)外顯子的cDNA鏈為1545bp,與野生型序列比對(duì)的同義突變、錯(cuò)義突變位點(diǎn)分別為c.1311T>C和c.1376G>T,導(dǎo)致437、459氨基酸呈Y/Y不變和R/L變異,空間位置均未在G6PD與NADP^+、乙醇酸配體的結(jié)合區(qū)。515aa氨基酸鏈的二聚體空間結(jié)構(gòu)模型GMQE、QMEAN分別為0.97和0.66,建模質(zhì)量高,與野生型模型(6eO7.1.A)比對(duì),459氨基酸均處于模型表面,與NADP^+配體的結(jié)合區(qū)均包括238、357等16個(gè)殘基;四聚體的建模質(zhì)量略差,乙醇酸的配體結(jié)合區(qū)僅為47等6個(gè)殘基,少于野生型的11個(gè)。結(jié)論G6PD基因編碼區(qū)C.1311T>C同義突變與C.1376G>T錯(cuò)義突變同時(shí)存在,可能不影響該患者G6PD二個(gè)亞基的聚合及其與NADP+配體的結(jié)合,但四聚體的形成受到干擾。
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