基于貢獻(xiàn)度排序的腎透明細(xì)胞癌串?dāng)_通路分析
關(guān)鍵詞：通路串?dāng)_ 貢獻(xiàn)度 差異表達(dá)基因 腎透明細(xì)胞癌
摘要：基于基因信號傳導(dǎo)通路理解生物過程,已成為探索疾病致病機(jī)理的重要手段。通常采用單一通路中差異表達(dá)基因數(shù)量的方法來衡量通路對疾病發(fā)生和后續(xù)發(fā)展的影響,而忽略基因間的相互擾動影響及通路間的串?dāng)_關(guān)系。因此,提出一種基于通路貢獻(xiàn)度排序的串?dāng)_分析方法,以分析通路間的相互串?dāng)_在腎透明細(xì)胞癌(KIRC)致病機(jī)理中的影響。首先,利用信號通路影響分析(SPIA)方法對KIRC相關(guān)的通路進(jìn)行貢獻(xiàn)度排序;其次,結(jié)合距離相關(guān)性(DC)算法,分別計(jì)算在患病樣本和健康樣本中高貢獻(xiàn)度信號通路之間的串?dāng)_值;最后,計(jì)算患病樣本和健康樣本通路串?dāng)_差值,篩選出串?dāng)_變化值高于0.1的串?dāng)_通路。結(jié)果表明,在21條KIRC患病前后串?dāng)_關(guān)系變化值較大的串?dāng)_通路中,愛潑斯坦-巴爾病毒信號通路與ErbB信號通路患病和健康樣本串?dāng)_關(guān)系差值變化為-0.12,腎細(xì)胞癌信號通路與ErbB信號通路差值變化為-0.20,帕金森病信號通路與蛋白質(zhì)在內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中加工信號通路差值變化為-0.14,金黃色葡萄球菌感染信號通路與11條信號通路之間的串?dāng)_均發(fā)生了顯著的變化,差值變化在0.11~0.13之間。同時,分子生物學(xué)分析可驗(yàn)證這些通路間串?dāng)_的顯著變化對KIRC的發(fā)生和發(fā)展具有重要影響。該方法可有效地探索已知及潛在與KIRC致病機(jī)理密切相關(guān)的失調(diào)信號傳導(dǎo)通路。
中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報雜志要求:
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